Ecoindicators : an R Package for the Identification of Indicator Taxonomic Units

Abstract

La sensibilidad de algunos grupos taxonómicos a las condiciones ambientales permite su uso como indicadores del estado ecológico. En comunidades ecológicas, este análisis es de interés para saber qué especies o taxones son indicadores de condiciones ambientales particulares, teniendo en cuenta su presencia en un conjunto de unidades de muestreo. Existen diferentes enfoques para estimar especies indicadoras; en este trabajo, desarrollamos una nueva herramienta para esta tarea que identifica unidades indicadoras definidas como especies (o taxones) cuyas frecuencias observadas no son uniformes entre ambientes o grupos de unidades de muestreo. El paquete proporciona métodos para estimar las especies indicadoras, la pertenencia de nuevas muestras a un ambiente dado y devuelve la frecuencia de unidades taxonómicas en una combinación seleccionada de factores ambientales como una estimación del nicho ecológico. EcoIndicators se probó en un conjunto de datos proporcionado con el paquete y en muestras independientes de comunidades de fauna del suelo, y está disponible gratuitamente en https://github.com/lsaravia/EcoIndicators.

The sensitivity of some taxonomic groups to environmental conditions allows for their use as ecological state indicators. In ecological communities, this analysis is of interest to know which species or taxa are indicators of particular environment conditions, taking into account their presence in a set of sampling units. There are different approaches to estimate indicator species, in this work we develop a new tool for this task identifying indicator units defined as species (or taxa) whose observed frequencies are not uniform between environments or groups of sample units. The package provides methods to estimate the indicator species, the belonging of new samples to a given environment, and returns the frequency of taxonomic units in a selected combination of environmental factors as an estimation of the ecological niche. EcoIndicators was tested on a data set provided with the package and on independent samples of soil fauna communities and is freely available in https:// github.com/lsaravia/EcoIndicators.

A sensibilidade de alguns grupos taxonômicos às condições ambientais para seu uso como indicadores do estado ecológico. Em comunidades ecológicas, esta análise é de interesse para saber quais espécies ou táxons são indicadores de condições ambientais particulares, levando em consideração sua presença em um conjunto de unidades amostrais. Existem diferentes abordagens para estimar espécies indicadoras; neste trabalho, desenvolvemos uma nova ferramenta para esta tarefa, identificando unidades indicadoras definidas como espécies (ou táxons) cujas frequências observadas não são uniformes entre ambientes ou grupos de unidades amostrais. O pacote fornece métodos para estimar as espécies indicadoras, o pertencimento de novas amostras a um determinado ambiente e retorna a frequência de unidades taxonômicas em uma combinação selecionada de fatores ambientais como uma estimativa do nicho ecológico. O EcoIndicators foi testado em um conjunto de dados fornecido com o pacote e em amostras independentes de comunidades de fauna do solo e está disponível gratuitamente em https://github.com/lsaravia/EcoIndicators.