Herramienta bioinformática para la identificación de secuencias de superantígenos

Argañaras, Omar Javier

dc.contributor	De Marzi, Mauricio César
dc.contributor	Fernández, Marisa
dc.creator	Argañaras, Omar Javier
dc.date	2024-02
dc.date	info:eu-repo/date/embargoEnd/2029-01-04
dc.date.accessioned	2024-06-28T14:48:49Z
dc.date.available	2024-06-28T14:48:49Z
dc.date.issued	2024-02
dc.identifier.citation	Argañaras, O. J. (2024). Herramienta bioinformática para la identificación de secuencias de superantígenos. [Tesis de doctorado]. Los Polvorines, Argentina : Universidad Nacional de General Sarmiento.
dc.identifier.uri	http://repositorio.ungs.edu.ar:8080/xmlui/handle/UNGS/1539
dc.description	Los superantígenos (SAgs) son proteínas bacterianas o virales que tienen la capacidad de estimular al sistema inmunológico de modo no convencional, generando una respuesta exacerbada y descontrolada. La identificación de este tipo de proteínas se realizó, hasta ahora, a través de métodos que no se adaptan a la evolución permanente de las secuencias. En este trabajo de tesis se desarrolló un programa que permite identificar de forma unívoca secuencias putativas, a nivel de aminoácidos o residuos, de SAgs bacterianos. Este método se basó en la teoría de la información de Shannon, para calcular la cantidad de información contenida en cada columna de aminoácidos en un alineamiento múltiple con el objetivo de determinar los aminoácidos que tienen el máximo nivel de información, en esto último radica lo novedoso del mismo. Este programa, aquí desarrollado, permitió identificar residuos claves para la interacción de los SAgs con las moléculas del complejo mayor de Histocompatibilidad de clase II. Finalmente, se comprobó la eficacia del método identificando secuencias de SAgs de S. aureus y S. pyogenes en una base de datos de proteínas.
dc.description	Os superantígenos (SAgs) são proteínas principalmente bacterianas ou virais que têm a capacidade de estimular o sistema imunológico. A identificação deste tipo de proteínas está sendo realizada, até agora, através de métodos que não se adaptam à evolução permanente das sequências. Nesta tese, desenvolvemos um programa que permite identificar de forma unívoca novas sequências de aminoácidos de SAgs bacterianos. Este método está baseado na teoria da informação de Shannon para calcular a quantidade de informação contida em cada coluna de aminoácidos, em um alinhamento múltiplo de sequências, com o objetivo de determinar os aminoácidos que têm o máximo nível de informação, aí radica a novidade do método. Este programa, aqui desenvolvido, permitiu identificar resíduos chave para a interação de SAgs com as moléculas do complexo principal de histocompatibilidade classe II. Finalmente, a eficácia do método foi verificada através da identificação de sequências de SAgs de S. aureus e S. pyogenes em um banco de dados de proteínas.
dc.description	Superantigens (SAgs) are bacterial or viral proteins that have the ability to stimulate the immune system in an unconventional way, generating an exacerbated and uncontrolled response. The identification of this type of proteins was carried out, until now, through methods that do not adapt to the permanent evolution of the sequences. In this thesis work, a program was developed that allows the unique identification of putative sequences, at the level of amino acids or residues, of bacterial SAgs. This method was based on Shannon's information theory, to calculate the amount of information contained in each column of amino acids in a multiple alignment with the objective of determining the amino acids that have the maximum level of information, the latter lies in the novelty. of the same. This program, developed here, allowed us to identify key residues for the interaction of SAgs with the molecules of the major Histocompatibility complex class II. Finally, the effectiveness of the method was verified by identifying sequences of SAgs from S. aureus and S. pyogenes in a protein database.
dc.description	Fil: Argañaras, Omar Javier. Universidad Nacional de General Sarmiento. Instituto de Ciencias; Argentina.
dc.format	application/pdf
dc.format.extent	182 p.
dc.language.iso	spa
dc.publisher	Universidad Nacional de General Sarmiento
dc.rights	info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
dc.rights	https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subject	Bioinformática
dc.subject	Superantígenos
dc.subject	Pyogenes
dc.subject	Aureus
dc.subject	Teoría de la información
dc.subject	Shannon
dc.subject	Secuencias de proteínas
dc.subject	Bases de datos genéticos
dc.title	Herramienta bioinformática para la identificación de secuencias de superantígenos
dc.type	info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type	info:ar-repo/semantics/tesis doctoral
dc.type	info:eu-repo/semantics/acceptedVersion
ungs.tesis.jurado	Lanzarotti, Esteban
ungs.tesis.jurado	Parisi, Gustavo
ungs.tesis.jurado	Penas Steinhardt, Alberto
ungs.tesis.fechadefensa	20240223
ungs.tesis.fechafirmaacuerdo	20240104
ungs.tesis.tutor	Romanelli, Lilia